本大会は、第100回記念大会のため、北海道に全国大会出場枠が3枠与えられました。
南・北大会各優勝校2校と、南・北大会各準優勝チームによる第3代表決定戦の勝者1校が全国大会に出場します。第3代表決定戦は、次の日程で行われます。
第3代表決定戦
日時 令和2年10月19日(月) 11:00キックオフ
場所 帯広の森球技場